Caratterizzata dalla varietà dei paesaggi, l’isola è famosa soprattutto per gli splendidi fondali ricchissimi di vita, ideali per fare delle immersioni. Per chi non fa attività subacquea, è possibile comunque ammirare i fondali grazie a delle imbarcazioni particolari, dotate di un fondo trasparente.
Gli itinerari della Riserva Marina ovviamente sono tantissimi e tutti molto belli, qui se ne citano solo alcuni. La bellissima [B]Grotta Azzurra[/B], nota per il suo particolare e suggestivo color azzurro, è popolata da spugne dai colori accesi e da branchi di castagnole. Nella parte più interna della grotta, al termine di un cunicolo ascendente, sono stati raccolti alcuni frammenti di ceramica risalenti all'[I]eneolitico medio[/I].
Le Grotte “[I][B]Pastizza[/B][/I]” e “[I][B]Accademia[/B][/I]” si trovano sul versante meridionale dell’isola, e formano una serie di cunicoli, nei quali avvengono fantastici giochi di luce. La “[B]Grotta delle Barche[/B]”, a sud est del Golfo del Pagliaro, possiede un piccolo molo.
La “[B]Grotta Verde[/B]”, situata tra Cala Santa Maria e Punta Cavazzi, è divisa in due zone: una ampia e luminosa ed un’altra poco illuminata e chiusa. La [B]Piscina naturale[/B], situata sotto Punta Cavazzi, offre rifugio a branchi di salpe, cefali e cernie.
Il [B]Corruggio[/B], tra Cala Madonna ed il molo del Cimitero, offre un bellissimo paesaggio composto da rocce e sabbia ricoperto da luccicanti minerali, dove vivono le ricciole.
Il Faraglione, lungo il versante est di Ustica, è dotato di un coloratissimo fondale marino. La [B]Grotta dell’Oro[/B], situata tra i Faraglioni e il molo del Cimitero, è ricca di gronghi, murene e cristalli variopinti.
Più a sud-ovest del Golfo di Pagliaro, emerge una ripida parete rocciosa, la [B]Punta di San Paolo[/B], dove è possibile incontrare saraghi e colonie di ventagli di mare.
La [B]Grotta dei Gamberi[/B] prende il nome dalle numerose colonie di gamberetti rossi che vi abitano.