Abitata sin dal periodo neolitico, Pantelleria fu colonizzata dai Fenici e successivamente fu conquistata dai Romani a seguito della seconda guerra punica nel 217 a.C. Dopo la dominazione dei Bizantini, nel 700 viene occupata per circa 400 anni dagli Arabi. Il nome attuale in arabo significa Bent-el-rion, cioè figlia del vento. Agli Arabi si deve anche la coltivazione dei vigneti e dei cappereti con il sistema del terrazzamento. In seguito passò sotto il dominio della Sicilia, seguendone la storia politica.
Durante la seconda guerra mondiale l’isola fu fortemente bombardata.
